MS-DOS là hệ Ä‘iá»u hà nh đơn nhiệm. Tại má»—i thá»i Ä‘iểm chỉ thá»±c hiện má»™t thao tác duy nhất. Nói má»™t cách khác, MS-DOS chỉ cho phép chạy má»™t ứng dụng duy nhất tại má»—i thá»i Ä‘iểm. Äiá»u nà y khác hẳn vá»›i Windows, vốn là má»™t hệ Ä‘iá»u hà nh Ä‘a nhiệm (multi-tasking) - ngưá»i dùng có thể thi hà nh nhiá»u ứng dụng cùng má»™t lúc. Mặc dù váºy, vá» sau ngưá»i ta đã thiết kế má»™t số ứng dụng chạy thưá»ng trú (TSR, Terminate and Stay Resident) cho MS-DOS. Các ứng dụng nà y có thể chạy trên ná»n cá»§a các ứng dụng khác, khiến ngưá»i sá» dụng có thể thá»±c hiện nhiá»u thao tác cùng lúc. Ở Việt Nam, phần má»m chạy thưá»ng trú trên MS-DOS rất phổ biến là má»™t chương trình há»— trợ gõ tiếng Việt, VietRes.
Má»™t số môi trưá»ng là m việc Ä‘a nhiệm (multi-tasking environment) như Deskmate hay Desqview đã được thiết kế để chạy trên DOS. Những phiên bản Windows đầu tiên cÅ©ng Ä‘á»u phải khởi động từ dấu nhắc DOS. Tuy nhiên, ngà y nay, MS-DOS đã trở nên Ãt phổ biến hÆ¡n. Nó chỉ còn tồn tại trong các phiên bản Windows sau nà y (2000, XP) dưới dạng má»™t ứng dụng cho phép ngưá»i dùng kÃch hoạt chế độ dòng lệnh (command prompt), và thưá»ng chỉ được dùng để thá»±c hiện những tác vụ liên quan máºt thiết đến hệ thống mà giao diện đồ há»a cá»§a Windows không là m được